Por causa de su situación geográfica, el municipio de Alquézar tiene un clima entre continental y mediterráneo. Caluroso y seco en verano y frío en invierno.Las precipitaciones oscilan entre los 400 y 600 milímetros son más frecuentes durante el otoño y la primavera.

Según el relieve y orientación se dan varios microclimas, apareciendo fenómenos de inversión térmica claramente apreciables en los barrancos.